Научно-исследовательская деятельность в Инновационном Евразийском университете (ИнЕУ) осуществляется на факультетах, кафедрах, в научно-исследовательских институтах, учебно-научно-производственных центрах и научной библиотеке ИнЕУ.

Основными направлениями научно-исследовательской деятельности Инновационного Евразийского университета являются:
— изучение проблем экономики и управления предприятиями Павлодарского региона;
— разработка и совершенствование энерго-, ресурсосберегающих технологий в различных отраслях промышленности;
— разработка и совершенствование способов и средств диагностики и лечения инфекционных заболеваний животных;
— совершенствование техники и технологии производства и хранения пищевых продуктов;
— совершенствование техники и технологии производства, переработки и хранения сельскохозяйственного сырья на предприятиях агропромышленного комплекса;
— оздоровление экологической среды в Павлодарском регионе;
— изучение особенностей функционирования живых организмов в условиях антропогенного загрязнения окружающей среды;
— совершенствование процесса подготовки специалистов в высших учебных заведениях;
— менеджмент высшей школы;
— история и этнография Павлодарского Прииртышья.

В 2005 г. Павлодарский университет (в настоящее время Инновационный Евразийский университет) был аккредитован как негосударственная научная организация, что позволяет проводить НИР за счет средств государственного бюджета. В составе ИнЕУ действуют три научно-исследовательских института:
- Научно-исследовательский институт устойчивого развития регионов;
- Научно-исследовательский институт социально-гуманитарных проблем;
- Научно-исследовательский институт энергоресурсосберегающих технологий.

НИИ университета активно сотрудничают с крупными предприятиями области, учебными заведениями и научными организациями Казахстана, дальнего и ближнего зарубежья.

Координацию научно-исследовательской работы осуществляет отдел научно-организационной работы. Административное управление и контроль научной деятельности осуществляет проректор по научной работе и международным связям. Работа с подразделениями осуществляется через менеджеров по научно-инновационной деятельности.

В течение последних пяти лет университет участвовал в следующих научных и инновационных программах:
— Глобальный мониторинг предпринимательства (GEM);  
— Европейского Союза «Tempus-Tacis» «Энергетика - навстречу Центральной Азии»;
— Европейского Союза «Tempus-Tacis» «Разработка учебных программам по возобновляемой энергетике в университетах Ценртальной Азии»;
— по разработке научных основ и технологий создания новых перспективных материалов различного функционального назначения;
— в нормативно-методическом обеспечении развития отраслей агропромышленного комплекса;
— в разработке национальных нормативов качества жизни сельского населения Республики Казахстан;
— в разработке научно-обоснованной системы мониторинга особо опасных заболеваний сельскохозяйственных животных, птиц и пушных зверей на территории Республики Казахстан;
— в программе индустриально-инновационного развития Павлодарской области.
— в разработке и внедрении СМК в высших учебных заведениях;
— в поддержке развития и мониторинга обеспечения качества в сфере высшего образования в Казахстане;
— по отбору научных проектов по предоставлению грантов для выполнения инициативных и рисковых научных исследований и разработок на 2009 год.

На базе университета действует объединенный совет ОД 14.50.13 по защите диссертаций на соискание ученых степеней по специальностям 05.18.04 «Технология мясных, молочных, рыбных продуктов и холодильных производств» и 05.18.12 «Процессы и аппараты пищевых производств».
Заседания совета проводятся как на базе Семипалатинского государственного университета им. Шакарима, так и Инновационного Евразийского университета.

К выполнению научно-исследовательских работ в университете, наряду с докторами и кандидатами наук, привлекаются аспиранты, магистранты и студенты, что позволяет реализовать программу подготовки научных кадров по системе «Студент — магистр — аспирант» по инженерно-техническому, экономическому и гуманитарному направлениям, оптимально распределяя исследовательскую работу разного уровня и квалификации.
Подготовка научно-педагогических кадров высшей квалификации ведется в аспирантуре по 13 научным специальностям и 2 специальностям в докторантуре PhD. Университет является ведущей организацией по группе научных специальностей: "Технология продовольственных продуктов", "Социологические науки". 

На базе университета действует Павлодарский филиал Малой академии наук РК, возглавляемый доктором ветеринарных наук, профессором Никитиным Евгением Борисовичем.
Ежегодно в апреле совместно с Павлодарским филиалом Малой академии наук Республики Казахстан университет проводит научно-практическую конференцию «Интеграция образования и науки — шаг в будущее», в работе которой принимают участие как студенты вузов, так и учащиеся колледжей, школ, гимназий и лицеев. Учеными университета за последние пять лет было создано более 40 изобретений, по которым получены предварительные и инновационные патенты РК. К числу изобретателей, работающих в ИнЕУ, относятся: А.Д. Фрезоргер, А.Ю. Камербаев, Е.Б. Никитин, Г.М. Никитин, В.Ю. Мельников, А.В. Дробинский, Л.И. Проскурина, М.С. Омаров, В.В. Кибартас, П.В. Дубровин, А.П. Плевако, Е.В. Приходько, А.Д. Умурзакова, Т.И. Урюмцева, А.К. Кинжебекова и другие. 

Создаваемые в университете компьютерные программы, используемые в учебном процессе, регистрируются в Комитете по правам интеллектуальной собственности Министерства юстиции Республики Казахстан в качестве объектов интеллектуальной собственности.

На Втором инновационном конгрессе Республики Казахстан (ноябрь 2005 г.) Павлодарскому университету (в настоящее время Инновационный Евразийский университет) в номинации «Лучшее учебное заведение» был вручен диплом Министерства индустрии и торговли РК, Инновационного фонда и Ассоциации вузов РК за вклад в развитие инновационной деятельности республики за 2001-2005 годы.

В университете функционирует Научно-технический совет, к числу основных задач которого, в частности, относится: разработка единой научно-технической политики университета и определение направлений инновационной деятельности университета и развития научных исследований.
Инновационный Евразийский университет принимает участие в мероприятиях по реализации Стратегии индустриально-инновационного развития Республики Казахстан на 2003-2015 годы и Индустриальной стратегии области на период до 2010 года.
Учеными университета в 2005 г. разработан пакет документов по созданию в Павлодарской области технопарка.

Сотрудники ИнЕУ по результатам участия в конкурсах, объявляемых МОН РК, получают государственные гранты «Лучший преподаватель вуза», Государственные научные стипендии «Для ученых и специалистов, внесших выдающийся вклад в развитие науки и техники» и «Для молодой талантливой молодежи».

С декабря 1998 года в университете издается научный журнал «Вестник Инновационного Евразийского Университета» (ISSN 1729-536Х).

Сотрудники ИнЕУ постоянно принимают участие в научно-практических конференциях и семинарах различного уровня: международных, республиканских, региональных конференциях. Начиная с 1998 г. на базе ИнЕУ было проведено около 50 научных конференций и семинаров.

По заданию Департамента предпринимательства и промышленности Павлодарской области сотрудниками университета разрабатывалась информационная база инновационных проектов, проводились обучающие семинары для руководителей и специалистов предприятий и организаций Павлодарского региона.
Ученые Инновационнго Евразийского университета постоянно принимают участие в подготовке научных проектов, представляемых на открытые конкурсы, объявляемые отраслевыми министерствами, АО «Фонд Науки» с целью выделения грантов на выполнение научно-исследовательских работ по различным научным направлениям.

Ученые университета участвуют в грантовых проектах и программах различных фондов: «Сорос-Казахстан», Американского совета по сотрудничеству в области образования и изучения языков, Гёте-института, Британского Совета, Информационного агентства США, Немецкой академической службы обменов (DAAD), Швейцарской Федеральной комиссии по стипендиям. Это способствует повышению престижа вуза, расширению возможностей применения творческих сил как преподавателей, так и студентов.

За последние пять лет учеными университета опубликовано более 30 монографий, около 200 учебников и учебных пособий. Общий объем научной продукции (монографии, научные статьи, сборники переводов, тезисы докладов), подготовленной к изданию за последние три года, составляет более 3000 печатных листов. Ученые вуза совместно с институтом усовершенствования учителей участвуют в апробации новых учебников для школы.

Студенты университета активно участвуют в работе международных, республиканских и межвузовских конференций, проводимых как в Казахстане, так и за рубежом.
Команда Best Way (кафедра «Электроэнергетика» ИнЕУ) с проектом «Определение параметров и координат электродвигателей электроприводов косвенным путем для эффективного управления и мониторинга состояния в рабочем режиме реального времени с применением Интернет-технологий» вошла в число финалистов III Национального конкурса инновационных бизнес-планов NIF$50k, организованного АО «Национальный Инновационный фонд» в апреле-мае 2007 г., и заняла второе место на данном конкурсе. По результатам IV Национального конкурса инновационных бизнес-планов NIF$50k, проходившего в октябре-ноябре 2008 г., две команды от университета («Solaris» и «Роматики») вошли в десятку финалистов данного конкурса.

Студент третьего курса Академии образования ИнЕУ Коротков Константин за научные исследования на тему «Биологическое загрязнение воздушной среды города спорами грибов-паразитов древесных пород» был награжден золотой медалью и дипломом Совета молодых ученых при Фонде Первого Президента РК за участие в Республиканском конкурсе на лучшую научную работу студентов по естественным, техническим и гуманитарным наукам, организованном Общественным Фондом «Фонд Первого Президента Республики Казахстан» в феврале — мае 2009 г.

Отдел научно-организационной работы

Основными задачами отдела научно-организационной работы являются:

• организация и координация научно-исследовательских и опытно-конструкторских работ (НИОКР), проводимых по утвержденным координационным планам Инновационного Евразийского университета (ИнЕУ);
• интеграция научной, научно-технической и образовательной деятельности на основе различных форм участия преподавателей, студентов, магистров, аспирантов, докторантов университета, других вузов, включая зарубежные, в научных исследованиях и разработках, проводимых в структурных подразделениях ИнЕУ;
• участие в разработке новой техники и технологии, новых научных и учебных методик и методологий, оказание услуг консультативного характера, а также услуг по выпуску учебно-методической и научной литературы;
• внедрение результатов НИОКР, проводимых в ИнЕУ, в производство и в учебный процесс;
• привлечение преподавателей, стажеров-исследователей, аспирантов, докторантов, магистрантов, студентов ИнЕУ к участию в научных исследованиях и разработках;
• содействие в обеспечении правовой охраны объектов интеллектуальной собственности, создаваемых в ИнЕУ;
• организация научных конференций и семинаров, проводимых по плану ИнЕУ.

Информационное письмо  о III Международной научно-практической конференции «Наука и современность – 2010» (г. Новосибирск, июнь 2010 г.)